Kementerian Kesehatan RI mempunyai tugas membantu Presiden dalam menyelenggarakan sebagian urusan pemerintahan di bidang kesehatan:

Dalam melaksanakan tugas, Kementerian Kesehatan RI menyelenggarakan fungsi :

1. Perumusan kebijakan nasional, kebijakan pelaksanaan dan kebijakan teknis di bidang kesehatan;
2. Pelaksanaan urusan pemerintahan sesuai dengan bidang tugasnya;
3. Pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawabnya;
4. Pengawasan atas pelaksanaan tugasnya.
5. Penyampaian laporan hasil evaluasi, saran dan pertimbangan di bidang tugas dan fungsinya kepada Presiden;

Dalam menyelenggarakan fungsi, Kementerian Kesehatan RI mempunyai kewenangan :

1. Penetapan kebijakan nasional di bidang kesehatan untuk mendukung pembangunan secara makro;
2. Penetapan pedoman untuk menetukan standar pelayanan minimal yang wajib dilaksanakan oleh kabupaten/Kota di bidang Kesehatan;
3. Penyusunan rencana nasional secara makro di bidang kesehatan;
4. Penetapan persyaratan akreditasi lembaga pendidikan dan sertifikasi tenaga profesional/ahli serta persyaratan jabatan di bidang kesehatan;
5. Pembinaan dan pengawasan atas penyelenggaraan otonomi daerah yang meliputi pemberian pedoman, bimbingan, pelatihan, arahan dan supervisi di bidang kesehatan;
6. Pengaturan penerapan perjanjian atau persetujuan internasional yang disahkan atas nama Negara di bidang kesehatan;
7. Penetapan standar pemberian izin oleh daerah di bidang kesehatan;
8. Penanggulangan wabah dan bencana yang berskala nasional di bidang kesehatan;
9. Penetapan kebijakan sistem informasi nasional di bidang kesehatan;
10. Penetapan persyaratan kualifikasi usaha jasa di bidang kesehatan;
11. Penyelesaian perselisihan antar Propinsi di bidang kesehatan;
12. Penetapan kebijakan pengendalian angka kelahiran dan penurunan angka kematian ibu, bayi, dan anak;
13. Penetapan kebijakan sistem jaminan pemeliharaan kesehatan masyarakat;
14. Penetapan pedoman standar pendidikan dan pendayagunaan tenaga kesehatan;
15. Penetapan pedoman pembiayaan pelayanan kesehatan;
16. Penetapan pedoman penapisan, pengembangan dan penerapan teknologi kesehatan dan standar etika penelitian kesehatan;
17. Penetapan standar nilai gizi dan pedoman sertifikasi teknologi kesehatan dan gizi;
18. Penetapan standar akreditasi sarana dan prasarana kesehatan;
19. Surveilans epidemiologi serta pengaturan pemberantasan dan penenggulangan wabah, penyakit menular dan kejadian luar biasa;
20. Penyediaan obat esensial tertentu dan obat untuk pelayanan kesehatan dasar sangat essential (buffer stock nasional);
21. Kewenangan lain sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku yaitu :
    1) penempatan dan pemindahan tenaga kesehatan tertentu;
    2) pemberian izin dan pembinaan produksi dan distribusi alat kesehatan.