Departemen Kesehatan mempunyai tugas membantu Presiden dalam menyelenggarakan sebagian urusan pemerintahan di bidang kesehatan:

Dalam melaksanakan tugas, Departemen Kesehatan menyelenggarakan fungsi :

1. perumusan kebijakan nasional, kebijakan pelaksanaan dan kebijakan teknis di bidang kesehatan;
2. pelaksanaan urusan pemerintahan sesuai dengan bidang tugasnya;
3. pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawabnya;
4. pengawasan atas pelaksanaan tugasnya.
5. penyampaian laporan hasil evaluasi, saran dan pertimbangan di bidang tugas dan fungsinya kepada Presiden;

Dalam menyelenggarakan fungsi, Departemen Kesehatan mempunyai kewenangan :

1. penetapan kebijakan nasional di bidang kesehatan untuk mendukung pembangunan secara makro;
2. penetapan pedoman untuk menetukan standar pelayanan minimal yang wajib dilaksanakan oleh kabupaten/Kota di bidang Kesehatan;
3. penyusunan rencana nasional secara makro di bidang kesehatan;
4. penetapan persyaratan akreditasi lembaga pendidikan dan sertifikasi tenaga professional/ahli serta persyaratan jabatan di bidang kesehatan;
5. pembinaan dan pengawasan atas penyelenggaraan otonomi daerah yang meliputi pemberian pedoman, bimbingan, pelatihan, arahan dan supervisi di bidang kesehatan;
6. pengaturan penerapan perjanjian atau persetujuan internasional yang disahkan atas nama Negara di bidang kesehatan;
7. penetapan standar pemberian izin oleh daerah di bidang kesehatan;
8. penanggulangan wabah dan bencana yang berskala nasional di bidang kesehatan;
9. penetapan kebijakan sistem informasi nasional di bidang kesehatan;
10. penetapan persyaratan kualifikasi usaha jasa di bidang kesehatan;
11. penyelesaian perselisihan antar Propinsi di bidang kesehatan;
12. penetapan kebijakan pengendalian angka kelahiran dan penurunan angka kematian ibu, bayi, dan anak;
13. penetapan kebijakan sistem jaminan pemeliharaan kesehatan masyarakat;
14. penetapan pedoman standar pendidikan dan pendayagunaan tenaga kesehatan;
15. penetapan pedoman pembiayaan pelayanan kesehatan;
16. penetapan pedoman penapisan, pengembangan dan penerapan teknologi kesehatan dan standar etika penelitian kesehatan;
17. penetapan standar nilai gizi dan pedoman sertifikasi teknologi kesehatan dan gizi;
18. penetapan standar akreditasi sarana dan prasarana kesehatan;
19. surveilans epidemiologi serta pengaturan pemberantasan dan penenggulangan wabah, penyakit menular dan kejadian luar biasa;
20. penyediaan obat esensial tertentu dan obat untuk pelayanan kesehatan dasar sangat essential (buffer stock nasional);
21. kewenangan lain sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku yaitu :
    1) penempatan dan pemindahan tenaga kesehatan tertentu;
    2) pemberian izin dan pembinaan produksi dan distribusi alat kesehatan.